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# Hackathon Virtuel Inter-cati 2020
Ce site pointe tous les éléments nécessaires pour participer au hackathon inter-cati du 04/11/2020.
Il a aussi pour vocation de pointer des ressources pour faire fonctionner
les différents systèmes présentés sur les différentes infrastructures
lien vers le GITLAB PAGES : [https://inter_cati_omics.pages.mia.inra.fr/reproductibility/](https://inter_cati_omics.pages.mia.inra.fr/reproductibility/)
{% pdf title="Slides d'introduction", src="Hackathon_inter-CATI_Reproductibilite_intro_20201104.pdf", width="100%", height="550", link=false %}{% endpdf %}
* 9h00 - 9h30 : Introduction (url de connexion : http://genobbb.inrae.fr/b/bio-jtm-nas-s4l)
* 9h30 - 9h45 : Questions et points de blocages
* 9h45 - 12h00 : Singularity (url de connexion : http://genobbb.inrae.fr/b/bio-jtm-nas-s4l)
* Nextflow (url de connexion: http://genobbb.inrae.fr/b/bio-ffn-vlt-cyg)
* Snakemake (url de: http://genobbb.inrae.fr/b/bio-9ec-k2a-ddw)
* 16h45-17h : Retours sur la journée, échanges et conclusion
Singularity: https://mensuel.framapad.org/p/intercati_visio_singularity-9jvq
Nextflow: https://mensuel.framapad.org/p/intercati_visio_nextflow-9jvq
Snakemake: https://mensuel.framapad.org/p/intercati_visio_snakemake-9jvq
Pour participer aux différents ateliers vous aurez besoin :
* Pour __réaliser les tutoriels snakemake ou nextflow vous devez vous
connecter sur les serveurs de la plateforme genotoul__. Si vous n'avez
pas de compte veuillez faire une demande au support
(http://bioinfo.genotoul.fr/index.php/ask-for/support/)
en indiquant "Compte formation pour le hackathon inter-cati"
``` bash
ssh <mylogin>@genologin.toulouse.inra.fr
```
* __Pour réaliser le tutoriel Singularity__ vous devez avoir un __[compte sur
la forge mia](https://forgemia.inra.fr/)__ pour pouvoir construire des
images singularity ou une machine Linux (basée sur une distribution debian) avec accès en tant que root: soit linux natif ou sur une vm virtualBox: https://www.virtualbox.org/wiki/Downloads ([tuto](https://cdiese.fr/installation-de-debian-sur-une-machine-virtuelle-virtualbox/)).
## En amont et pendant le hackathon
---
En amont du hackathon, vous pouvez suivre les tutoriels pointés dans les différentes sections.
Durant le hackathon, vous pourrez :
* ou bien travailler sur vos propres workflows en autonomie
Nous serons à votre disposition pour répondre à vos questions.
Des "sous-salles" virtuelles pourront être créer pour que vous travailliez
en sous groupes sur un sujet.
* anthony.bretaudeau@inrae.fr
* celine.noirot@inrae.fr